当センターは健全な運営を確保するため、関係各界の代表12名による理事会、11名による評議員会を設置するとともに、3名の監事（常勤1名を含む。）による業務及び会計の監査を受ける体制になっています。
また、養成支援業務に関する重要事項については、外部委員による委員会を設置し、適切な業務施行を図っています。
組織図
役員名簿
| 会 長 | 内藤 忠顕 | 日本郵船株式会社 特別顧問 |
|---|---|---|
| 理事長 | 西村 典明 | 一般財団法人海技振興センター |
| 常務理事 | 柳原 拓治 | 一般財団法人海技振興センター |
| 常務理事 | 大平 徹是 | 一般財団法人海技振興センター |
| 理 事 | 内野 明子 | 東京海洋大学 教授 |
| 理 事 | 遠藤 英明 | 川崎汽船株式会社 執行役員 |
| 理 事 | 小泉 正 | 関門水先区水先人会 水先人 |
| 理 事 | 篠原 康弘 | 一般社団法人日本船主協会 理事長 |
| 理 事 | 髙尾 幸徳 | 日本水先人会連合会 会長 |
| 理 事 | 立花 泰紀 | 内海水先区水先人会 水先人 |
| 理 事 | 谷本 光央 | 株式会社商船三井 専務執行役員 |
| 理 事 | 中村 紳也 | 一般社団法人日本船長協会 会長 |
| 監 事 | 杉田 喜逸 | 税理士 |
| 監 事 | 水津 壽雄 | 東京湾水先区水先人会 水先人 |
| 監 事 | 村松 智司 | 一般財団法人海技振興センター |
2025年7月1日現在（五十音順：敬称略）
評議員名簿
| 五十嵐 隆俊 | 和歌山下津水先区水先人会 水先人 |
|---|---|
| 伊郷 亜子 | 小川総合法律事務所 弁護士 |
| 加藤 雅徳 | 一般社団法人日本船主協会 副会長 |
| 鈴木 晴敏 | 伊勢三河湾水先区水先人会 水先人 |
| 中川 欣三 | 大阪湾水先区水先人会 水先人 |
| 二宮 浩一郎 | 株式会社商船三井 執行役員 |
| 春成 誠 | 公益財団法人マラッカ海峡協議会 前理事長 |
| 樋口 久也 | 日本郵船株式会社 常務執行役員 |
| 宮﨑 達彦 | 安藤武久法律事務所 弁護士 |
| 吉野 高広 | 日本水先人会連合会 常務理事 |
| 和田 恊一 | ENEOSオーシャン株式会社 上席執行役員 |
2025年7月1日現在（五十音順：敬称略）